Rafa, jugador de la cantera del Real Valladolid, debutó en Primera División de la mano de Fernando Vázquez. Considerado como central, en sus inicios en la categoría desempeñó en ocasiones la labor de mediocentro. Tras no contar en los planes de los entrenadores del Real Valladolid, en el mercado de invierno de la temporada 2005-06 juega cedido en el Éibar, que no podrá eludir el descenso a Segunda División B. Al año siguiente, vuelve al Real Valladolid donde juega 13 partidos y poco a poco se va haciendo un nombre dentro del panorama futbolítico corroborado con el ascenso a Primera División de los pucelanos. La temporada siguiente, quizás sea la mejor en la trayectoria personal de Rafa, con la consolidación en Primera División. Sin embargo, problemas a la hora de renovar su contrato con el Real Valladolid, le hicieron ser objetivo de diferentes equipos hasta que se confirmó su fichaje por el Getafe Club de Fútbol, momento en el que desapareció de las alineaciones habituales de José Luis Mendilíbar en el Real Valladolid.
