Uno de los elementos que más caracteriza a la Caja Mágica son sus cubiertas móviles. Todas pueden moverse, desplazarse e, incluso, elevarse.
Mientras estas cubiertas están en movimiento, nadie puede encontrarse en esta zona, por lo que disponen de un sistema de seguridad a través de un láser que avisa de presencia en esta parte del edificio.
Desde el inicio las cubiertas formaron parte del diseño original, a diferencia de otros los cuales han incorporado elementos similares una vez construido el edificio.
En cuanto al tiempo, estas cubiertas tardan en abrirse entre 15 y 20 minutos, y hasta 50 en cerrarse.