El Museo de san Isidro ofrece un viaje por la historia de la ciudad de Madrid desde la Prehistoria hasta el establecimiento de la Corte, a través de distintas salas como la de San Isidro, el Patio Renacentista, el Jardín Arqueobotánico o el Almacén Visitable.
El Museo ocupa el solar del palacio de los Condes de Paredes. Aunque ha recibido diferentes denominaciones, popularmente es conocido como Casa de San Isidro, porque según la tradición fue la casa de los Vargas, amos de San Isidro, y en ella vivió y murió el Santo. Reconstruida por la familia de los Lujanes en el siglo XVI, más tarde sirvió como alojamiento del Nuncio hasta mitad del siglo XVII. Desde esta fecha y hasta mediados del siglo XIX fue propiedad de los Condes de Paredes.
La capilla dedicada al Santo se edificó a principios del siglo XVII, siendo reformada en 1663, y posteriormente entre 1783 y 1789, época de la que data su decoración actual. El conjunto fue demolido en 1974 y reconstruido por el Ayuntamiento de Madrid, integrando las partes conservadas: el patio, el pozo del milagro y la capilla.
