Fue a partir de entonces cuando redobló su compromiso político, y en 1996, un año después de ese asesinato, fue elegida secretaria general del PP en Guipúzcoa. Un cargo del que dimitió en diciembre del mismo año por discrepancias con el presidente del partido en esa provincia, Ricardo Hueso, dirigente al que sustituyó cuatro años después.

En 1999 es elegida miembro de la ejecutiva nacional del PP. Ese mismo año, se presenta como candidata a la alcaldía de San Sebastián, una etapa en que los enfrentamientos con los miembros de Batasuna son contínuos.

En 2004, es elegida candidata a lehendakari. Se convierte en la primera mujer aspirante a presidir el ejecutivo vasco. Su valentía frente al acoso nacionalista la sitúa al frente del Partido Popular vasco, sustituyendo a Carlos Iturgáiz.

La política donostiarra se ha caracterizado por su lucha permanente contra el terrorismo y por su defensa de la idea de la nación española. Objetivo preferente de ETA, se ha ganado la animadversion de grupos radicales de todo el país.

Pese a las amenazas, San Gil no duda, en 2006, en retar con la mirada al etarra Txapote, el asesino de su compañero, Gregorio Ordóñez.

Y estaba llamada a mantener esa cuota de protagonismo en el Congreso de Valencia ya que era una de las encargadas de redactar la ponencia política.

Pero adujo no estar de acuerdo con algunas de las cuestiones que se barajaban para incluir en esa ponencia, y aunque finalmente no figuraron en ella, dijo haber perdido la confianza en Rajoy.